Mit der Veröffentlichung ihres Biogas-Effizienzvergleichs bewertet und wichtet die Agentur für Erneuerbare Energien (AEE) verschiedene Nutzungspfade von Biogas. 
Die darin getroffenen Aussagen trägt die FNR nicht mit. Vielmehr müssen nach Einschätzung der FNR auf absehbare Zeit verschiedene Verwertungsoptionen für Biogas parallel und technologieoffen entwickelt und implementiert werden, um die u.a. im Energiekonzept der Bundesregierung formulierten langfristig orientierten politischen Ziele sinnvoll verwirklichen zu können. Hier kommt der Verbesserung der energetischen Effizienz entlang der gesamten Biogas-Nutzungskette eine prioritäre Aufgabe zu.
Eine abschließende, allgemeingültige Bewertung der beschriebenen Optionen hält die FNR insbesondere in der gewählten Form zum jetzigen Zeitpunkt entschieden für verfrüht. Zudem sind für den Biogas-Vergleich Randbedingungen gesetzt worden, deren Wahl das Ergebnis im Wesentlichen vorweg nimmt. In der Interpretation der Ergebnisse durch die AEE wird dies nicht ausreichend hervorgehoben und begründet.